2018年6月，上海市質子重離子醫院與徐州市腫瘤醫院建立“上海市質子重離子醫院合作醫院”，徐州市腫瘤醫院成為聯盟醫院。上海市質子重離子醫院在徐州市腫瘤醫院開設“質子重離子放療門診”，定期派專家來院進行技術指導，在醫療、教學、科研、管理等全方位開展合作。依托上海市質子重離子醫院專業先進的診療技術，現代化、國際化的治療理念，使徐淮地區的腫瘤患者能夠得到有效治療，方便患者的按需轉診和后期治療。
上海市質子重離子醫院，暨復旦大學附屬腫瘤醫院質子重離子中心，是所集醫療、科研、教學于身，以國際尖端腫瘤放射治療技術一質子重離子放射治療技術為主要治療手段的現代化、國際化腫瘤中心，也是國內第一家配備質子重離子放射治療設備的醫療機構。醫院地處上海市浦東新區國際醫學園區內，總占地150畝，建筑面積一期52542平方米，共設床位220張，各類專業技術及管理人員200多名。
醫院2013年12月開始試運行，并于2014年6月14日起啟動為期半年的質子重離子系統設備注冊臨床試驗工作。醫院現設有放射治療科、放射物理科、核醫學科、放射診斷科，檢驗科、超聲診斷科、藥科等臨床醫技科室。除擁有全球第三套質子重離子系統設備外，醫院還配備有國際領先的直線加速器、PET/CT、MRI、CT等大型診斷治療設備，在提供尖端質子重離子治療的同時，可結合其他放化療等腫瘤診治手段，為各類腫瘤篩查、診斷和治療提供強有力地設備技術支撐。上海市質子重離子醫院也非常主重專業人才梯隊的培養和建設，堅持高起點吸納尖端人才并同步加快培養本土化人才。醫院面向全球多管齊下，廣納賢士，招聘、培訓放射治療、放射物理、醫院管理等各類高端人才。目前國院擁有多名外籍首席物理師及資深腫瘤放射主任醫師，并與復旦大學附屬腫瘤醫院共享有關學科的專業人才資源優勢。
